W ramach Programu możliwe jest realizowanie projektów w czterech priorytetach, do których przyporządkowanych jest siedem celów szczegółowych. Cele te zidentyfikowano na podstawie analizy społeczno-ekonomicznej, analizy mocnych i słabych stron oraz szans i zagrożeń. Zdefiniowane priorytety i cele szczegółowe mają odpowiadać na najważniejsze wspólne wyzwania na polsko-brandenburskim pograniczu.
Innowacyjne pogranicze – transfer wiedzy i technologii na rzecz innowacyjnych rozwiązań
Odporne i zrównoważone pogranicze – zmiany klimatu i różnorodność biologiczna
Atrakcyjne pogranicze – edukacja, kultura i turystyka
Pogranicze dialogu – współpraca mieszkańców i instytucji